3. Les selles comme remède (Introduction à la FMT)
L'avalerais-tu pour vivre plus longtemps ?
Il avait déjà fait des choses étranges auparavant. Jeûné pendant trois jours. Couru un marathon (42 km) à l'eau et au sel uniquement, en tournant sur une piste d'athlétisme de 400 mètres. Mais il n'avait alors que 17 ans. Il avait participé à plus de cent transplantations fécales. Mais cette fois, c'était différent. Cette fois, le « patient » n'était pas malade. Cette fois, l'objectif n'était pas la survie — mais le potentiel.
Il avait entendu parler pour la première fois de la bactérie Veillonella en 2019. Un chercheur de la Harvard Medical School avait écrit que cette bactérie proliférait nettement dans la flore intestinale des coureurs du marathon de Boston, et qu'elle était capable de transformer le lactate — sous-produit de l'effort physique — en propionate. Le propionate, lui, était associé à l'endurance et à la récupération. Chez la souris, une dose de Veillonella augmentait de 13 % les performances sur tapis roulant. Comme si les microbes avaient révélé un rapport de vitesse caché. Il savait que les athlètes olympiques seraient prêts à tuer pour 2 à 3 % d'endurance supplémentaire.
Cette conférence est restée gravée dans son esprit, comme une graine semée. Et si — se demandait-il — les athlètes d'élite ne possédaient pas seulement un cœur plus performant ou un mental plus fort, mais aussi un écosystème intestinal affiné par des années d'entraînement ? Un intestin capable de tirer parti de presque tout ? Et si cet écosystème pouvait être « emprunté » ?
Il a donc demandé à trois connaissances — toutes trois ultra-traileuses, toutes trois de tempéraments totalement différents — de lui rendre service. Il ne demandait pas de conseils d'entraînement. Ni de stratégies de course. Enfin… ça aussi. Mais surtout des échantillons. Au laboratoire, avec ses collègues, ils ont analysé le microbiote de l'une d'elles, éliminé les pathogènes, puis encapsulé les selles. Soixante capsules. Vingt fois la dose moyenne. Séchées, stockées, prêtes à l'emploi.
Un matin, il a commencé à les prendre avec de l'eau citronnée et de la camomille. Pendant dix jours, doublant la dose chaque jour. Il n'y avait aucun rituel, aucun drame. Juste des données. Et une intuition. Puis il a couru. Pas un tour d'essai. Pas un simple jogging. Soixante et onze kilomètres autour du lac Velence, avec ceux qui l'avaient aidé. Les chiffres n'étaient pas des records du monde. Pas du tout. C'était de la souffrance. Avec un genou douloureux, l'objectif était simplement d'arriver. Mais ce qui l'a vraiment surpris, c'est l'absence de véritable fatigue. Il n'était pas « anéanti ». Aucune crampe. Juste une étrange et pure légèreté.
Était-ce la Veillonella ? Ou le butyrate de Faecalibacterium prausnitzii ? Ou juste un placebo déguisé en blouse de laboratoire ? Il ne savait pas. Mais la récupération était plus rapide. Le sommeil plus profond. La faim plus instinctive. Quelque chose avait changé en lui — pas seulement dans son microbiote, mais dans sa conviction. Et il repensa alors aux nageuses d'ultra-distance. Celles qui avaient excellé à Paris après avoir reçu une dose accrue de leur propre microbiote.
Elles pensaient que cela leur apportait seulement une protection. Mais maintenant, il le savait. Elles aussi le savaient. Quelque chose se passait. Et un an plus tard, les deux olympiennes n'ont pas pu reproduire le même résultat — sans avoir reçu le « renfort ». Une nouvelle coïncidence ? Peut-être…
Il avait toujours su que la FMT pouvait sauver des vies. Mais il commençait maintenant à soupçonner qu'elle pouvait non seulement les sauver, mais aussi les améliorer.
Semaine prochaine : « Les ennemis dans mon garde-manger » — aliments transformés, dégradation métabolique, et ce que tu dois savoir sur tes microbes.
1. Scheiman, J., Luber, J. M., & Ilhan, Z. E. – Meta-omics analysis of elite athletes identifies a performance-enhancing microbe
Jonathan Scheiman, Jeffrey M. Luber, Zeynep E. Ilhan, Alexander V. Tuncay, Gregory A. Zeevi, Jacob J. Groach et al., Meta-omics analysis of elite athletes identifies a performance-enhancing microbe, Nature Medicine, 2019 Jul;25(7):1104-1109.
Ce qu'ils ont découvert :
Scheiman et ses collègues ont publié en 2019 une étude marquante identifiant la bactérie Veillonella atypica comme un microbe améliorant la performance, qui prolifère nettement dans l'intestin des coureurs du marathon de Boston. Des analyses méta-omiques ont montré que les espèces de Veillonella étaient présentes en proportion bien plus élevée dans les échantillons fécaux des athlètes après les courses d'endurance qu'avant.
Le mécanisme clé qu'ils ont mis au jour est que la Veillonella est capable de transformer le lactate — le sous-produit « brûlant » généré par un effort physique intense — en propionate, un acide gras à chaîne courte associé à une meilleure endurance et une récupération plus rapide. Dans des expériences sur souris, l'administration de Veillonella isolée d'athlètes a augmenté de 13 % la capacité sur tapis roulant, suggérant un lien de causalité entre le microbiote et la performance physique.
Les auteurs ont suggéré que cette conversion lactate-propionate forme une boucle de rétroaction entre l'hôte et le microbiote : à mesure que le taux de lactate augmente pendant l'effort, la Veillonella prolifère et produit des substances qui, en retour, améliorent l'endurance de l'hôte. Cette découverte a ouvert de nouvelles perspectives pour des interventions ergogènes (améliorant la performance) fondées sur le microbiome, susceptibles d'influencer non seulement la performance sportive, mais aussi la santé métabolique.
https://doi.org/10.1038/s41591-019-0485-4
2. Matsumoto, M., Inoue, R., & Tsukahara, T. – Voluntary running exercise alters microbiota composition and increases n-butyrate concentration in the rat cecum
Mitsuhiro Matsumoto, Ryo Inoue et Takamitsu Tsukahara, Voluntary running exercise alters microbiota composition and increases n-butyrate concentration in the rat cecum, Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 2008 Jun;72(2):572-576.
Ce qu'ils ont découvert :
Matsumoto et ses collaborateurs ont étudié comment l'exercice volontaire influence la composition du microbiote intestinal et la production d'acides gras à chaîne courte chez le rat. L'étude a montré que l'exercice — même sans modification du régime alimentaire — peut sélectivement augmenter les bactéries bénéfiques productrices de n-butyrate, connu pour son effet anti-inflammatoire et son soutien à l'intégrité de la paroi intestinale.
Bien que le thème central de l'étude ait été le butyrate, les résultats ont mis en lumière un principe important : l'activité physique peut directement transformer l'environnement microbien intestinal, en favorisant les espèces qui soutiennent le métabolisme et la récupération de l'hôte. L'augmentation observée du butyrate suggère que le microbiote s'adapte à une charge physique accrue, produisant des métabolites qui permettent une utilisation plus efficace de l'énergie et une récupération plus rapide.
Bien que la Veillonella n'ait pas été au cœur de l'étude, les résultats confortent l'idée que les changements microbiens induits par l'exercice peuvent créer un écosystème intestinal optimisant la performance, ce qui a posé les bases de recherches ultérieures sur le rôle des bactéries métabolisant le lactate (comme la Veillonella) chez les athlètes.
https://doi.org/10.1271/bbb.70520
3. Petersen, L. M., Bautista, E. J., & Nguyen, H. – Community characteristics of the gut microbiomes of competitive cyclists
Lauren M. Petersen, Eliza J. Bautista, Hai Nguyen, Robert W. Phan et John C. Gaffney, Community characteristics of the gut microbiomes of competitive cyclists, Microbiome, 2017 Apr 4;5(1):98.
Ce qu'ils ont découvert :
Petersen et ses collègues ont mené une analyse approfondie du microbiote intestinal de cyclistes de compétition afin de révéler les schémas microbiens associés à une performance physique élevée. Les résultats ont montré que le microbiote des athlètes d'endurance présentait une diversité nettement plus grande, avec une prédominance d'espèces jouant un rôle dans le métabolisme des glucides, la production de SCFA et la régulation de l'immunité muqueuse.
Parmi les principales conclusions figurait une prévalence accrue des membres de la famille des Veillonellaceae, ce qui confirme l'hypothèse selon laquelle les microbes métabolisant le lactate contribuent à l'amélioration de la performance d'endurance. Des niveaux élevés d'Akkermansia muciniphila et de Faecalibacterium prausnitzii ont également été mesurés, deux espèces connues pour soutenir l'intégrité de la barrière intestinale et pour leurs effets anti-inflammatoires.
L'étude conforte l'idée que le microbiote intestinal des athlètes entraînés n'est pas une simple conséquence passive du régime alimentaire et de l'exercice, mais un écosystème qui s'adapte activement, coévoluant avec les habitudes d'activité physique. Cette adaptation microbienne améliore l'utilisation des substrats, optimise la dépense énergétique et favorise la récupération, la rendant potentiellement transférable via des interventions fondées sur le microbiote (comme la FMT).